Внедрение
Миссии внедрения - это крупномасштабные операции пришельцев, проводимые с участием большого количества НЛО. Целью внедрения является подписание пакта между пришельцами и правительством некой страны, вследствие которого она полностью прекращает все формы сопротивления, включая финансирование X-COM, а пришельцы в обмен обязуются не трогать города этой страны и предоставляют правительству свои технологии. Проводится операция внедрения через высадку в столице инфильтрируемой страны агента пришельцев, внешне неотличимого от человека. Пока агент проникает в правительственную структуру противника, к столице подлетает целый флот пришельцев для устрашения и подавления возможного сопротивления.
Миссии внедрения наиболее опасны для X-COM, а остановить их практически невозможно (страна переходит на сторону пришельцев со 100%-ой вероятностью вне зависимости от активности X-COM на их территории). По сути своей это ограничение на длину игры - рано или поздно все страны окажутся таким образом захваченными. В случае завершения инфильтрации пришельцы основывают базу на территории захваченной страны, а также получают 150 очков.
Несмотря на невозможность предотвращения инфильтрации, её можно, во-первых, замедлить, уничтожив часть кораблей пришельцев, а во-вторых, изрядно на ней навариться, так как будет много крупных НЛО, которые все сядут.